Из тихоокеанских джунглей на Нью — Йорк надвинулась страшная катастрофа. На глазах у потрясенных жителей рушатся небоскребы, переворачиваются автобусы, уходят под землю целые кварталы. Но это не ураган и не землетрясение. Это — Годзилла, самое ужасное чудовище в истории.

Для него человеческая цивилизация — лишь жалкий муравейник, дома — спичечные коробки, вертолеты — назойливые стрекозы. Мегаполису грозит полное уничтожение. Армия, оснащенная по последнему слову техники, не в силах противостоять гигантской ящерице. Небольшой группе смельчаков предстоит выяснить, зачем Годзилла пришел в Нью — Йорк. Возможно, тогда им удастся спасти город…

Загадочная авария в туннелях под мостом-шоссе Токио Бэй Аква Лайн ставит на уши все аварийные подразделения мегаполиса. Шеф МЧС Японии созывает всех, чтобы найти причину аварии, и возможные решения сложившейся проблемы. Они еще не знают, что это только начало. Огромное существо, известное как Годзилла, встало на путь разрушения…

В результате тайных военных экспериментов в водах Тихого океана и на побережье появляются гигантские монстры! Невиданная катастрофа надвигается на Нью-Йорк и весь цивилизованный мир! Корабли пропадают без вести, проглоченные кальмаром-мутантом, целые кварталы уходят под Землю, подрытые огромным зубастым червем, а на острове Манхэттен хозяйничает ящер-великан Годзилла, переворачивая автобусы, сметая небоскрёбы, круша всё вокруг.

История рассказывает о героических усилиях криптозоологического агентства «Монарх» по сдерживанию гигантских монстров. В этот раз против могучего Годзиллы выступают Мотра, Родан и ультимативный кайдзю — трёхголовый монстр Кинг Гидора. Когда эти древние суперхищники, со временем превратившиеся в полузабытые мифы, восстают снова, чтобы сойтись в схватке, человечеству остаётся отойти в сторонку и постараться не погибнуть.

Три месяца спустя после извержения вулкана около острова Дайкоку пропало японское рыбачье судно « Yahata - maru ». Репортер Горо Маки, плывя на своей лодке, обнаружил пропавшее судно « Yahata - maru ». Он поднялся на борт судна и там обнаружил многочисленные обескровленные тела. Затем Горо находит одного уцелевшего человека и из его бумажника узнает, что этого человека зовут Кен Окамура. Также в бумажнике Горо находит фотографию, на которой изображен Кен, стоящий рядом с девушкой. И вдруг на Горо нападает гигантская морская блоха. Уцелевший Кен Окамура приходит на помощь Горо и убивает морскую блоху. Далее Окамура рассказывает Горо, что он видел чудовище.

Два древних титана, Годзилла и Конг, сражаются в эпической битве, пока люди разгадывают их происхождение и связь с тайнами Острова черепа.

Гениальный ученый Шурагами создал супер организм Биорант, используя для этого радиоактивные клетки Годзиллы, за которыми охотится международная мафия. А в это время извержение вулкана возродило спящего на дне Токийского залива Годзиллу к жизни. Жители Япония в панике — встреча двух монстров неизбежна и выживет только один из них. И на этот случай силы обороны приготовили своё новое оружие «Супер Икс-2», с помощью которого они готовы уничтожить уцелевшего монстра.

Инопланетные захватчики направляют для порабощения Земли двух космических монстров с дистанционным управлением. В противовес им выдвигается Годзилла и другой динозавроподобный ящер — Ангирус.

В Японию 90-х годов 20 века прибывают люди из далёкого будущего и заявляют, что если Годзилла не будет уничтожен, то вскоре он станет причиной глобальной ядерной катастрофы. Для устранения такой угрозы они предлагают вернуться в прошлое и ликвидировать Годзиллу до его мутации в непобедимого динозавра. Однако вскоре появляется новая проблема — в лице трёхголового дракона Кинга Гидоры.

Конг и группа ученых отправляются в опасное путешествие в поисках родного дома гиганта. Среди них девочка Джия, единственная, кто умеет общаться с Конгом. Неожиданно они сталкиваются с разъяренным Годзиллой, разрушающим все на своем пути. Битва двух титанов, спровоцированная неведомыми силами — лишь малая часть тайны, спрятанной в недрах Земли.