Чтобы сражаться с Годзиллой, японские ученые сконструировали два новых вида оружия — высокотехнологичный корабль Грифон и устройство «Приливная волна». Испытание «Приливной волны» совпадает по времени с появлением Мегануронов — стрекозообразных существ, которые питаются энергией человека.

Королева Мегагирус, повелительница Мегануронов, монстр высотой метров в 60, готовится напасть на Годзиллу, чтобы поглотить ее энергию. Люди здесь, может показаться, совсем ни при чем, однако от исхода битвы двух супергигантов зависит судьба человечества…

Чтобы защитить страну от Годзиллы, если она вдруг опять нападет на Японию, ученые сконструировали Механическую Годзиллу — гигантского управляемого робота, наделенного всеми функциями, имеющимися у живого монстра.

В процессе создания робота были использованы полностью органические ткани организма монстра, выращенные искусственным образом из молекул ДНК Годзиллы, которые были сохранены с 1954 года, со времени первого нападения чудовища на Японию. Настоящий монстр Годзилла, конечно, просыпается и идет крушить японцев. Те выставляют на бой Меха-Годзиллу.

1966 год. По заданию ОOН астронавты Глен и Фуджи отправляются исследовать Планету Х. Местные гуманоиды рассказывают астронавтам, что из-за постоянных нападений ужасного Монстра Зеро они вынуждены жить под землей. При очередном нападении астронавты признают в монстре Кинга Гидору. Откликнувшись на просьбу о помощи, c Земли на Планету X доставляют Годзиллу и Родана, где они с честью одерживают победу над монстром. Все бы хорошо, но на самом деле Годзилла и Родан понадобились аборигенам Планеты X совершенно для иной цели…

Трое тинейджеров отправляются на лодке в море, чтобы найти пропавшего рыбака, но попадают в шторм и оказываются на острове, который служит базой для террористической организации «Красный Бамбук». Помимо этого в прибрежных водах острова обитает и гигантский краб Эбира. Победить всех врагов может только Годзилла, который по счастливой случайности тоже оказывается неподалёку.

У берегов острова Гуам при невыясненных обстоятельствах потерпела крушение американская подводная лодка. Адмирал Татибана убежден, что катастрофа произошла по вине Годзиллы, короля всех монстров, и что спустя почти полвека после первого нападения на Токио Годзилла возвращается, чтобы уничтожить Японию.

Чтобы подтвердить или опровергнуть утверждение адмирала, его дочь Юрико, репортер популярной телепрограммы, пытается выяснить, что скрывается за тремя совершенно различными происшествиями, которые случились в трех разных районах страны.

Она знакомится с таинственным стариком Исаямой, и он рассказывает Юрико о трех монстрах, контролирующих небеса (Королевская Гибра), морские просторы (Мотра) и земное пространство (Барагон). Только им под силу справиться с разгневанной Годзиллой…

Прошел год после битвы Годзиллы с Механической Годзиллой. И вот новое предупреждение: японцы должны вернуть океану все, что они сохранили от первого нашествия Годзиллы. И кости, и органические ткани, — абсолютно все, вплоть до молекул ДНК, необходимо отправить в бездну вод, чтобы получить шанс на спокойную жизнь.

Предупреждение это исходит от другого легендарного монстра — от Мотры, которая всегда была лютым врагом Годзиллы. И Годзилла не заставляет себя долго ждать: чудовище выходит из моря, чтобы сразиться с Мотрой и с Меха-Годзиллой…