В новом сезоне история развивается уже когда бывшие спецназовцы, а ныне боевые пловцы, служат в своем новом отряде. У всех сослуживцев отряда своя трудная судьба, у каждого свой характер, но, тем не менее, есть вещи, которые их всегда и при любых обстоятельствах объединяет — это в первую очередь воинский долг Родине и преданность своему отряду и всеобщему делу. Каждая серия посвящена одному из героев отряда и, несмотря на то, что они част будут встречаться вместе всем отрядом, основная сюжетная линия строится вокруг определенного героя за пределами его работы.

Подразделению «Морские дьяволы» предстоит столкнуться с противниками из прошлого, а некоторых старых врагов давно считали погибшими. Противники сильны, умны и зачастую имеют личные счёты с Батей, Багирой, Приговым и другими бойцами. Командиры элитного подразделения столкнутся с парадоксом времени и на собственном опыте убедятся, насколько взаимосвязаны прошлое и настоящее.

Российский контртеррористический центр противостоит международному информационно-исследовательскому центру «Пандора». Статус ИАЦ — лишь прикрытие, под которым некие влиятельные западные спецслужбы ведут борьбу против России в информационной, политической, экономической и международных сферах. По сути «Пандора» — прекрасно оснащённый центр планирования диверсий против России. КТЦ в этой борьбе выступает достойнейшим противником, владеющим всеми современными технологиями борьбы — от информационных до оружейных. На этот раз спецподразделению «Акула» предстоит выполнение боевых задач как на дальних рубежах нашей страны, так и за ее пределами.

Новый сезон «Морские дьяволы. Особое задание» - это продолжение популярной многосерийной франшизы «Морские дьяволы» с героями предыдущих сезонов, отрядом специального назначения «Нерпы». В ходе совместных учений силовых структур, которые проводятся в самом западном регионе России в Калининграде, происходит авиакатастрофа, в которой гибнут бойцы местного, регионального спецназа. Следственный комитет, совместно с ФСБ России проводит расследование причин происшедшего. Но, поскольку до окончания расследования, нельзя с уверенностью утверждать, что данная трагедия не является террористическим актом, из приграничных регионов Родины отряд «Нерпы» перебрасывается на новую секретную военную базу, в район Калининграда. Задача героев – временно, до окончания расследования взять на себя обязанности подразделений, бойцы которых погибли, и действовать по возможности автономно, дабы пресечь возможность вмешательства враждебных сил, если такие в регионе имеются и катастрофа вертолёта с силовиками – не случайность. Как и прежде, каждое задание «Нерп» – это боевой выезд к месту проведения операции в разных уголках региона. «Нерпами», по-прежнему командуют: Батя, Багира, Пригов и Бизон. В составе отряда: Кот, Опер, Тигр, Ума и Дана. Новые сюжеты развиваются в современных реалиях, в контексте, близком к сегодняшней геополитической ситуации, на фоне основных международных конфликтов, в том числе в информационной среде. В данном сезоне герои попадают в ещё более реалистичные и экстремальные ситуации. В основе каждого нового фильма по-прежнему остается остросюжетная детективная история.

Из северных приграничных регионов Родины отряд «НЕРПЫ» перебрасывается на секретную военную базу, местоположение которой строго засекречено, и каждое задание «НЕРП» — это боевой вылет (выезд) к месту проведения операции в разных уголках нашей страны. «Нерпами» по-прежнему командуют Бизон, Батя и Багира. В составе отряда: Кот, Сармат, Дана, Агата и Опер.

Продолжение популярной многосерийной франшизы «Морские дьяволы» в актуализированном виде — спецподразделение выполняет непростые задачи в суровых условиях на северной границе России. Официально, спецподразделение теперь называется — «Нерпы». Сама группа набирается из профессионалов возрастом около 35-ти лет. Батя, Багира и Бизон выполняют в сериале командно-тактические функции, хотя иногда и оказываются на острие действия. Офицеры группы спецназа «НЕРПЫ» стоят на страже спокойствия и порядка северных рубежей страны в приграничном портовом городе, на берегу одного их северных морей. Они борются со злом во всех его проявлениях. «НЕРПЫ» не только охраняют Северный рубеж государства, но и охотятся за диверсантами, предателями родины, обезвреживают иностранные специальные подразделения. Герои сражаются с контрабандистами и обеспечивают безопасность важных свидетелей. Освобождают заложников, обеспечивают безопасность глубоководных экспедиций и исследований, пресекают попытки уничтожения нефтедобывающей платформы, обезвреживают врагов при попытке дискредитации круглогодичного Северного морского пути и мн. др. В общем, самые сложные, самые опасные и непредсказуемые задания — это то, чем они занимаются изо дня в день.

В целях обнаружения и предотвращения случаев возникновения угрозы государственной безопасности, при президенте и правительстве РФ создается контртеррористический центр, в его подчинении находится группа специального назначения Смерч.

Группа «Смерч» состоит из семи человек, они подготовлены к действиям в сложнейших ситуациях, в любой среде, в условиях дефицита времени и мощного противодействия. Практически все они (Батя, Багира, Кот, Бизон, Физик, Пригов) — бывшие тайфуновцы из «Морских дьяволов», перешедшие теперь на работу в КТЦ. Все, за исключением Муры, пришедшей работать уже непосредственно в Смерч. Смерч, обладающий всеми новинками вооружений и спецтехники, включает в себя бойцов спецподразделений, ученых, программистов, психологов. Сотрудники МВД, ФСБ и Министерства Обороны обязаны подчиняться указаниям этой группы.

В новых сериях спецподразделению «Смерч» предстоит найти капсулы с взрывчатым веществом огромной мощности, похищенные с военного склада, пока они не попали на черный рынок.

В целях обнаружения и предотвращения случаев возникновения угрозы государственной безопасности, при президенте и правительстве РФ создается контртеррористический центр, в его подчинении находится группа специального назначения "Смерч". Группа состоит из семи человек, они подготовлены к действиям в сложнейших ситуациях, в любой среде, в условиях дефицита времени и мощного противодействия. Практически все они (Батя, Багира, Кот, Бизон, Физик, Пригов) — бывшие тайфуновцы из «Морских дьяволов», перешедшие теперь на работу в КТЦ. Все, за исключением Муры, пришедшей работать уже непосредственно в "Смерч". «Объекты» работы группы, что называется, три стихии – вода, небо и земля (включая горы). Эта группа не сильно скована законами, главное – моральные принципы при подчинению высшему командованию. «Смерч», обладающей всеми новинками вооружений и спецтехники, включает в себя бойцов спецподразделений, ученых, программистов, психологов. Все сотрудники МВД, ФСБ и Министерства Обороны обязаны подчиняться указаниям этой группы.