В 1994 году двое археологов, Елена и Ной, вступают в древний конфликт, связанный с максималами, предаконами и террорконами.

Вернувшись на Кибертрон, Максималы узнают, что он захвачен предаконом Мегатроном и его армией механических Дронов. Так начинается война между органикой и технологией….

Закончилась первая война Максималов с Предаконами, и обе армии решили возвратиться на Кибертрон. Но Мегатрон оказался проворнее Максималов. Он гораздо раньше их вернулся на свою родную планету и создал компьютерный вирус, который максимально приблизил его к осуществлению его заветной мечты – к полному порабощению Кибертрона. Вирус действовал на всех трансформеров таким образом, что физическая оболочка просто отключалась, а Искра выходила наружу и могла быть использована Мегатроном. Мегатрон извел таким образом почти всех трансформеров на Кибертроне (которые были в тот момент там – в космос он не полез). Но этого ему показалось мало. Он решил, что новому Императору Кибертрона позорно оставаться «органическим», и он решил переделать себя в машину. Но так как в его теле сосуществовали две Искры, стать чистой машиной ему так и не удалось. Временами, когда он не мог контролировать свою Искру, предаконское «Я» - звериное, драконье – выходило наружу, и Мегатрон превращался в дикого зверя, монстра, не способного отвечать за свои поступки и крушащего все на своем пути. Мегатрон создал себе новую армию – армию вехиконов, армию, состоящую из миллионов безмозглых, но очень сильных трансформеров.

Огромная чёрная дыра надвигается на планету Кибертрон, по пути уничтожая все друге планеты. Автоботы принимают волевое решение: создать «Оружие возмездия», чтобы защитить родную планету, однако всё, чего они добились — это лишь немного сдержать её развитие. Но вскоре появляется Вектор Прайм, легендарный трансформер, и сообщает об артефактах, сделанных из Искры Праймуса, с помощью которых можно спасти Кибертрон и всю Вселенную. Карта расположения этих артефактов находится у него. И все было бы теперь решено, если бы не появление на сцене Мегатрона, желающего завладеть этой редкостью в своих злых целях…

Юные Оптимус Прайм и Мегатрон превращаются из братьев по оружию в заклятых врагов.

Оптимус Прайм исчез. Люди ведут войну с Трансформерами. Ключ к нашему будущему погребен в тайнах прошлого, в скрытой истории Трансформеров на Земле… Миссия по спасению мира ложится на плечи разношерстной компании, состоящей из Кейда Йегера, Бамблби, английского лорда и профессора из Оксфорда. Пришла пора действовать! Жертвы станут героями. Герои станут злодеями. Выстоит только один мир: их или наш.

Уверенные, что опасность миновала, автоботы, тем не менее, оставляют на Земле небольшую группу защитников под руководством Оптимуса Прайма. Предосторожность оказывается не напрасной — три года спустя Мегатрон объявляется снова и приносит с собой Тёмный Энергон, с помощью которого рассчитывает отомстить за прошлое поражение. Автоботы опять вынуждены взяться за оружие. Они подружились с несколькими земными подростками, и теперь команда роботов и людей сражается, чтобы защитить Землю от десептиконов.

Полнометражный мультфильм «Трансформеры: Прайм — возрождение Предаконов» — сиквел 3-го сезона. Ожидается появление новых персонажей (автоботов, десептиконов и предаконов), а также очередное воскрешение Мегатрона.

Бамблби вызывают, чтобы спасти Землю от новой группы десептиконов, сбежавших из рухнувшего на планету корабля-тюрьмы. Автобот собирает группу неопытных воинов, включающих в себя бунтующего «плохиша», кадета элитной гвардии, напыщенного динобота и гиперактивного миникона. Вместе отряд пытается поймать новых врагов.