Сюжет фильма повествует о трёх временных отрезках времени: прошлом, настоящем и будущем. В будущем показан лагерь для мутантов, которые лишились своей свободы. Настоящее время показывает непрекращающееся противостояние добрых и злых мутантов, во главе которых стоит Магнето. В отрезке прошедшего времени представлена возможность предотвращения грядущей войны и спасения мутантов от порабощения. Китти Прайд живёт в будущем и способна путешествовать во времени. Она отправляется навстречу главным героям, чтоб предупредить их об опасности, однако этого уже не достаточно. Силы зла уже проникли из будущего в настоящее и уже развернули свою тёмную деятельность.

Кинолента представляет собой многосерийный мультипликационный сериал о мутантах-героях – персонажах знаменитых комиксов Marvel, которые так полюбились читателям, а в последствие и зрителям. Но они ведь не только мутанты, но и обычные подростки со своими собственными юношескими проблемами и чувствами. Каждый из них наделен особыми сверхъестественными способностями, с помощью которых им предстоит нейтрализовать злодеев и спасти мир. Сюжет наполнен множеством разнообразных персонажей, как положительных, так и отрицательных, и каждый из них по-своему уникален, со своими особыми способностями и навыками, а также целями и желаниями.