Гражданская война, названная Реставрацией Мэйджи, окончилась. В Японии полным ходом идут реформы по западному образцу. Нет больше сёгуната, созданы парламент и правительство, самураи примеряют европейские костюмы, крестьяне получают фамилии, расцветают торговля и предпринимательство. Вот только почему герой тайной войны времен Бакуматсу никем неузнаваемым бродит по стране в обличии добродушного простака, помогая всем, кто в беде, и ничего не прося взамен? Так Химура Кеншин, великий мастер меча и бывший убийца поневоле, пытается искупить грехи прошлого и найти мир в израненной душе.

Краткая передышка застает Кеншина в Токио – бывшем Эдо, где он спасает Каору Камия, молодую хозяйку семейного додзё. Постепенно в додзё Камия собирается теплая компания бродяг и неудачников – Каору, Кеншин, наемный боец Саноске и сирота Яхико. Вот только спокойная жизнь, наполненная веселыми похождениями и шутливыми перепалками, продлилась недолго. Ведь прошлое никуда не ушло, и слишком многие считают, что кровь можно смыть только куда большей кровью.

События фильма разворачиваются вокруг одного наемного убийцы, который в один день решил, что пришла пора отойти от своих дел и встать на путь исправления. Он собирается искупить грехи за содеянное. Он пообещал себе, что больше ни за что в жизни не станет убивать. Он пообещал, что будет пользоваться мечом лишь в тех случаях, когда беззащитным нужна будет помощь. Однако жизнь решила нарушить его планы. И вот он вновь берется за меч.
В городе появляется некий убийца, которого зовут Шишио Макато. Он отличается жестоким характером, безжалостный и расчетливый. Он приехал в город, чтобы захватить власть. Правительство Японии не в силах остановить его. Вся надежда на прославленного Химура – главного героя…