Поражение Хана и создание планеты Генезис стали очередным триумфом капитана Джеймса Т. Керка; но для него эти победы больше не имеют значения. Керк потерял одного из своих лучших друзей, Спока, который погиб, спасая «Энтерпрайз», и эта потеря невосполнима.

Одновременно с этим Керк близок к тому, чтобы потерять еще одного своего лучшего друга, Мак-Коя, который потерял рассудок.

Неожиданный визит Зарека, отца Спока, проясняет ситуацию и дает Керку надежду — Спок жив, и его разум в данный момент помещен в тело Мак-Коя. Чтобы помочь друзьям, Керк угоняет свой корабль, к тому времени уже предназначенный на слом, и нарушает установленный Федерацией карантин на планете Генезис, на которой работает научная экспедиция во главе с его сыном Дэвидом.

Но в это же время о существовании Генезиса узнают Клингоны, и их боевой корабль под управлением командира Крюге спешно направляется к планете Генезис. Их встреча неизбежна…

Возвращаясь домой с Вулкана на экспроприированном клингонском космическом корабле, Керк и его команда заранее готовятся к худшему. Хотя долг чести выполнен, и Спок снова с нами живой и здоровый, у команды нет более причин радоваться, особенно когда они начинают вспоминать о попутно содеянных проступках.

Неподчинение приказу, угнанный, а затем и самоликвидированный «Энтерпрайз», саботированный «Эксцельсиор» — все это заставляет их строить отнюдь не радужные предположения относительно того, чем их встретит Земля.

Но реальность оказывается куда мрачнее — к Земле приблизился огромный космический корабль неизвестной конструкции, транслирующий на планету запросы на языке китов, к 23-му веку окончательно вымерших. Странный корабль имеет свойство воздействовать на погоду, которая устраивает на Земле сплошные ливни, грозы, ураганы и смерчи. Анализ ситуации позволяет предположить, что если благодаря какому-то чуду на Земле снова появятся киты, то это стабилизирует ситуацию и разрешит надвигающийся конфликт.

И как вы думаете, кто способен сотворить чудо? Естественно, капитан Керк и его команда! Они готовы отправиться в прошлое для того, чтобы найти китов и доставить их в будущее ради спасения всей планеты…

Кризис, разразившийся на песчаной планете Нимбус III (Nimbus III), расположенной в нейтральной зоне, казалось бы, был всего лишь еще одним актом заявления о себе местного бунтарства, желающем лишь привлечь внимание Федерации — но не на этот раз.

Теперь у повстанцев есть лидер, уроженец планеты Вулкан по имени Сайбок (Sybok), обладающий выдающимися даже по вулканеанским меркам парапсихологическими способностями — ему достаточно лишь краткого общения для того, чтобы человек либо другой инопланетянин испытывал к нему чувство безраздельного доверия.

Сайбок объявляет себя новым мессией и собирается отправиться на поиски — кого бы вы думали? — Бога! И некстати подвернувшийся ему под руку «Энтерпрайз» со своей командой будет вынужден выполнить данную миссию, ведь даже Спок, один из немногих не поддавшися внушению, не может поднять руку на своего… родного брата.

Их путь лежит в центр галактики, за Великий Барьер (The Great Barrier), на таинственную планету Ша Ка Ри (Sha Ka Ree), на которой согласно древним книгам их ожидает сам Великий Творец во всем своем величии. Но найдут ли они то, во что верят, что желают найти, или миф навсегда останется мифом? Все ответы — на Ша Ка Ри.

Самое удивительное путешествие «Энтерпрайза» начинается…

Время действия сериала — 2371 год. Только что спущенный с доков звёздолёт «Вояджер» Объединённой Федерации Планет получил первое задание — найти корабль «Маки», организации, которая борется против Кардассианцев и считается ими и Федерацией террористами. По случайному стечению обстоятельств оба корабля попали в пространственную аномалию, созданную неизвестной инопланетной формой жизни называющей себя «Опекун». Он перенёс их в Дельта квадрант, за 70 тысяч световых лет от Земли с перспективой потратить на обратный путь не одно десятилетие. Объединив усилия с командой корабля «Маки», капитан Джейнвей дала клятву, что «Вояджер» во что бы то ни стало вернётся домой.

Команда юных инопланетян крадёт космический корабль и начинает исследовать на нём галактику.

Действие сериала разворачивается в 2369-2375 годах на космической станции «Дальний Космос 9», находящейся на орбите только что освобожденной от оккупации Кардассианской Империи планеты Бэйджор.

Волею случая в непосредственной близости от станции обнаруживается пространственная аномалия — коридор, связывающий Бэйджор с Гамма-квадрантом галактики. Это открытие превращает «Глубокий Космос 9» из фактически бесполезной станции в торговый центр.

Совершенно неожиданно через аномалию на орбиту Бэйджора вступают войска нового врага — Доминиона. Станция «Глубокий Космос 9» под командованием Бенджамина Сиско фактически оказывается на передовой военных действий и становится главной опорной точкой войск Федерации и ее союзников…