Черепашки текущего мультсериала встречаются со своими двойниками из мультсериала 80-ых годов чтобы вместе одержать победу над двумя Шредерами.

Необычайные приключения известной четвёрки Черепашек ниндзя продолжаются, и на этот раз им предстоит путешествие в прошлое на несколько десятков миллионов лет. Коварный Шредер и его подручные задумали украсть из музея космический метеорит, обладающий необычными свойствами. Черепашки оказались поблизости и нарушив планы злодея сумели остановить Бибопа и Рокстеди. Кристалл оказался в надёжных руках, но пытливый Донателло решил проверить его силу, установив в качестве элемента питания для своего изобретения. Мощность артефакта оказалась столь огромной, что вся четвёрка мгновенно перенеслась на 80 миллионов лет назад. Это был опасный период царствования могучих динозавров и логика подсказывала, что нужно скорей убираться оттуда. Но любопытные черепашки не устояли перед искушением увидеть древних исполинов своими глазами, чем заработали себе множество ненужных проблем.

Четыре черепашки и крыса в канализационных трубах Нью-Йорка вляпались в радиационные отходы, мутировали и превратились в человеческого роста разумных черепашек, а крыса, которая раньше жила у японского мастера ниндзя-цу, обучила их боевым искусствам.

Черепашки Леонардо, Рафаэль, Микеланджело и Донателло подружились с тележурналисткой и помогли остановить рост молодежной преступности.

Странные события происходят в Нью-Йорке: некий ученый Марк Уинтерс собирает армию древних монстров с единственной целью — поработить мир. Черепашки необходимы больше, чем когда-либо, но Рафаэль, Донателло и Микеланджело исчезли. Поэтому Леонардо должен восстановить единство команды, чтобы затем спасти город!

Лео, Раф, Майки и Донни – черепашки-мутанты, научившиеся боевому искусству ниндзюцу у своего сэнсэя Учителя Сплинтера. Выбравшись из канализации на улицы Нью-Йорка, братья оказываются в бурлящем жизнью мегаполисе. Здесь им придется неустанно противостоять самым кровожадным злодеям в истории человечества. В свободное от схваток время ребята занимаются своим любимым делом – дурачатся и едят восхитительную сочную пиццу! Сражаясь с мастером Шредером, мерзким инопланетянином Крэнгом и толпами свехмощных мутантов, черепашки учатся стоять друг за друга стеной, чтобы стать теми, кем им предписано быть судьбой – отважными и благородными героями!

Долгое время черепашки-ниндзя скрывались от людей в лабиринтах городской канализации. На протяжении нескольких лет учитель Сплинтер обучал их боевым искусствам и прививал им чувство справедливости. В один прекрасный момент им пришлось подняться наверх, чтобы спасти Нью-Йорк от Шредера, предводителя Клана Футов, захватившего власть в Нью-Йорке. Вместе с отважным репортером Эйприл и ее оператором Верном, бесстрашные воины смогли одержать победу и очистить любимый город от преступности. Леонардо, Микеланджело, Рафаэль и Донателло нашли свое предназначение в этом мире и стали защитниками своего города. Они навели порядок в Нью-Йорке и с чистой совестью могли отправиться на покой, но однажды им вновь пришлось столкнуться с могущественным врагом, угрожающим их городу.

Они снова сражаются со злодеями из клана Футов и их главарем Шредером. Благодаря Эйприл О`Нил, профессору Джордану Пери и разносчику пиццы Кено черепашкам удается остановить распространение мутирующего вещества мутагена и спасти жителей Нью-Йорка от страшных мутантов Токка и Разара.

Эйприл где-то на распродаже купила Сплинтеру старинный японский скипетр, и ещё всяких других подарков для своих друзей черепашек. Как выяснилось, этот скипетр — не просто обычный антиквариат, а прообраз машины времени. Но он работает только в том случае, когда вес путешественников во времени одинаков с обоих сторон.

Так случилось, что скипетр перенес Эйприл в феодальную Японию, в 1603-й год. Следом за ней отправились и черепашки, но вот беда, вместо того, чтобы попасть в храм, где по идее должен был находится скипетр, они оказываются посреди поля сражения. Во всей этой неразберихе теряется Микеланджело со скипетром. И теперь черепашкам нужно не только спасти Эйприл, но и вернуть скипетр. В нашем времени в этот момент тоже совсем не скучно.

Леонардо, Рафаэль, Донателло и Микеланджело являются четырьмя черепахами-мутантами. Они отправляются на поиски приключений, где начинают использовать мистические силы ниндзя, которых они никогда не знали, учиться работать вместе и ориентироваться в опасности современной эпохи, чтобы стать командой героев.