Несостоявшийся молодой журналист вынужден устроиться временным рабочим в автомастерскую. На новом месте он знакомится с нелюдимым сверстником, который не любит общаться и ведёт себя как человек с чёрной тайной на душе. Через некоторое время бывший журналист начинает подозревать, что новый знакомый — маньяк, ответственный за серию убийств детей 17 лет назад.

Старшеклассник Сатоси вместе с новой ученицей Рин готовится к школьному культурному фестивалю. В их школе существует запрет на образование групп, однако Сатоси и Рин пренебрегают этим правилом. Вместе они выступают на фестивале, после чего с Рин происходит несчастный случай. Раздавленный случившимся Сатоси отправляется в прошлое — в день, когда впервые встретил Рин, — чтобы попытаться всё исправить.

21-й век стал последним в жизни многих крупнейших городов мира. Добрый десяток всяческих гигантских монстров на куски разнес Париж и Сидней, Нью-Йорк и Шанхай.

Организация Объединенных Наций срочно собирается для обсуждения главного вопроса: как уцелеть в этой жуткой схватке с чудовищами… И тут совершенно неожиданно к Земле приближается огромный летающий объект, представители которого сообщают, что нашей планете осталось существовать вполне определенный и очень короткий срок.

Потому что из глубин космоса к Земле летит комета, после столкновения с которой наступит натуральный конец света… А между тем во льдах Антарктиды спит мирным сном Годзилла…

Прошел год после битвы Годзиллы с Механической Годзиллой. И вот новое предупреждение: японцы должны вернуть океану все, что они сохранили от первого нашествия Годзиллы. И кости, и органические ткани, — абсолютно все, вплоть до молекул ДНК, необходимо отправить в бездну вод, чтобы получить шанс на спокойную жизнь.

Предупреждение это исходит от другого легендарного монстра — от Мотры, которая всегда была лютым врагом Годзиллы. И Годзилла не заставляет себя долго ждать: чудовище выходит из моря, чтобы сразиться с Мотрой и с Меха-Годзиллой…

У берегов острова Гуам при невыясненных обстоятельствах потерпела крушение американская подводная лодка. Адмирал Татибана убежден, что катастрофа произошла по вине Годзиллы, короля всех монстров, и что спустя почти полвека после первого нападения на Токио Годзилла возвращается, чтобы уничтожить Японию.

Чтобы подтвердить или опровергнуть утверждение адмирала, его дочь Юрико, репортер популярной телепрограммы, пытается выяснить, что скрывается за тремя совершенно различными происшествиями, которые случились в трех разных районах страны.

Она знакомится с таинственным стариком Исаямой, и он рассказывает Юрико о трех монстрах, контролирующих небеса (Королевская Гибра), морские просторы (Мотра) и земное пространство (Барагон). Только им под силу справиться с разгневанной Годзиллой…

Чтобы сражаться с Годзиллой, японские ученые сконструировали два новых вида оружия — высокотехнологичный корабль Грифон и устройство «Приливная волна». Испытание «Приливной волны» совпадает по времени с появлением Мегануронов — стрекозообразных существ, которые питаются энергией человека.

Королева Мегагирус, повелительница Мегануронов, монстр высотой метров в 60, готовится напасть на Годзиллу, чтобы поглотить ее энергию. Люди здесь, может показаться, совсем ни при чем, однако от исхода битвы двух супергигантов зависит судьба человечества…

Судьба любит смельчаков, а Нил Армстронг однозначно принадлежит к их числу. Весь мир знает его имя, но мало кому известно, какой ценой астронавту дался маленький шаг, ставший огромным скачком для всего человечества.

Дайсукэ Югэ работает гидом в Оаху на Гаваях и изучает астрономию. Однажды в кафе он встречает Руи Фудзисиму и моментально влюбляется в неё. Парень ещё не знает, что у Руи непростая судьба — после несчастного случая девушка страдает провалами в памяти.

К концу 20-го столетия японцам удалось создать электронную систему слежения за Годзиллой, что не спасало от нашествия монстра, зато, по крайней мере, давало людям возможность знать, куда в очередной раз направляется «верзилла».

Однажды в результате нападения Годзиллы не только был разрушен целый город, но и своим огненным дыханием монстр расколол скалу, возраст которой насчитывал не один десяток миллионов лет.

Расколовшаяся скала высвободила летающую тарелку, которая спустя некоторое время трансформировалась в гигантское чудовище инопланетного происхождения. Наступил день, когда в решающей битве сошлись Годзилла и Орга…

Двух, казалось бы, несвязанных между собой людей находят умершими от отравления сероводородом. Приглашённый эксперт, профессор геологии Сюнсукэ Аои, считает, что это несчастные случаи, вероятность повторения которых ничтожно мала. Полицейский детектив из Токио находит связь между погибшими, и никак не может понять способ совершения убийств, если они всё-таки имели место, когда профессор сталкивается со старшеклассницей Мадокой. Девушка обладает невероятными способностями, и ей приходится скрываться от правительственных агентов.