Абенобаши — небольшой торговый квартал со своими тайнами, загадками и историей. Но время идет и современность требует жертв во имя прогресса — квартал постепенно сносят, жильцы переезжают… Двое подростков — Саши и Аруми — уже практически простились друг с другом, но внезапно вокруг все меняется — ночью над городом кружат драконы, по улицам прыгают гигантские грибы…. Дети оказываются затянуты в странный мир, который очень похож на фэнтезийную игру. С трудом выбравшись из средневекового антуража, проваливаются в другой, еще более непонятный мир. А им так хочется вернуться домой.

Молодой японский учитель по имени Сатоси Ябэ приступил к работе в шестом классе начальной школы, наивно полагая, что от 12-летних детишек больших сюрпризов ждать не приходится. Это было величайшей ошибкой в его жизни, ибо новоявленного классного руководителя ждали сестры Маруй — самые опасные тройняшки Японии!

Старшеклассник Кей Кусанаги во время ночных размышлений у озера становится свидетелем возникновения большой водяной воронки и телепортации на берег высокой женщины-инопланетянки в необычном чёрном костюме. На следующий день в классе, в котором учится Кей, ученики обсуждают неожиданное появление посреди учебного года новой учительницы — Мидзухо Кадзами, которая к тому же становится их классным руководителем. По возвращении домой Кея ожидает интересное совпадение — новая учительница поселилась в соседнем доме.

В время поездки в летний лагерь, пятнадцать детей, находят рядом с морем пещеру. Глубоко в ней они находят рабочие компьютеры. Чуть позже в пещере появляется и их владелец — человек по имени Кокопели. Он рассказывает детям, что создаёт совершенно новую игру, в которой большой робот должен защитить Землю от пятнадцати вражеских роботов. Кокопели предлагает детям проверить игру и подписать контракт. Все кроме одного подписываются, и, мгновение спустя, они просыпаются уже на берегу.

Долгие годы мир сотрясала война, и сейчас многие страны, в том числе республика Гельвеция, лежат в разрухе. Тем не менее, жизнь продолжается, и дитя военных лет Каната Сорами вступает в армию, чтобы осуществить свою мечту — играть на трубе. Излишне говорить, что героиня обладает абсолютным слухом, до наивности простым характером и громадной целеустремленностью. Судьба приводит ее в горный городок Сейзе, который защищает старая Часовая крепость. Вот только война кончилась, теперь гарнизон крепости состоит лишь из четырех милых девушек во главе с капитаном Фелисией Хайдеман и старшим сержантом Рио Кадзумией. Присоединившись к ним, Каната быстро поняла, что обрела новую семью, в которую входят не только новые подруги по службе, но и почти все местные жители.

Только не все так просто в горном крае. Очень скоро дружба, музыка, мистика и древние легенды дадут рождение новой захватывающей истории…

В прошлом человечество пережило войну с расой гигантов Зентради. После битвы с инопланетными захватчиками, человечество оказалось на грани вымирания и как единственный путь развития было принято решение осваивать космос. За много лет, прошедших с момента катастрофы, люди успели побывать в каждом уголке вселенной. И ныне, в 2059-м году в составе гигантского Иммиграционного Флота корабль Макросс Фронтир направляется к центру галактики. В один из дней на борт корабля прибывает поп-звезда Шерил Ном со своим концертом. В то же время внезапно намечается чрезвычайная ситуация — приходит информация о вражеском флоте, сметающем все заслоны военных. Положение становится настолько отчаянным, что объявляется боевая тревога. Несмотря на все попытки остановить атаку, вражеские корабли неуклонно продвигаются к гражданским судам…

1999 год. На Землю падает огромный метеорит, оказавшийся инопланетным космическим кораблем. Чтобы быть готовыми к появлению его хозяев, земляне начинают изучать и восстанавливать системы корабля. Однако явившиеся пришельцы оказываются не владельцами корабля (названного «Макросс»), а их древними врагами. Главная пушка «Макросса» автоматически стреляет — и начинается война землян и инопланетян — гигантов Зентреди.

Несмотря на гигантский рост и совершенное знание военного искусства, Зентреди исключительно уязвимы — им незнакомы понятия «культура» и «любовь», и простая романтическая песня оказывается более мощным оружием, чем все боевые роботы экипажа «Макросса». На фоне войны развивается любовный треугольник главных героев — пилота Ичидзё Хикару, его начальницы, капитана Хаясэ Мисы, и начинающей поп-исполнительницы Линн Минмэй.

В 2038 году был запущен седьмой корабль класса «Новый Макросс» с городом колонизаторов на борту. Его капитаном был назначен Макс Джениус, ветеран Первой Космической войны.

На борту «Макросса 7» создается рок-группа «Fire Bomber», солистами которой становятся молодой музыкант Басара Нэкки и дочь капитана корабля, Милен Джениус.

Во время полета колонизаторы сталкиваются с новым врагом, в сражениях с которым находят применение таланты Басары и Милен…

Испытания героев первого сезона завершились благополучно благодаря незримой помощи Юко и Химуры — таинственных хранителей Северного и Южного города. Но откуда у этих двоих право и власть вмешиваться в жизни других людей? Второй сезон дает ответ на этот вопрос, рассказывая историю Хранителей с раннего детства и школьных лет, трагическую повесть, в которую вплелись судьбы всех остальных героев сериала. На пересечении прошлого и будущего развивается и другая история — любви скрипача Кудзэ, доживающего последние дни, и юной Мидзуки, которая может стать новой избранницей, если не отступит, не предаст себя и одолеет все преграды.